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基因表達調控 RIP-Seq

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       RIP可以看成是普遍使用的染色質免疫沉淀ChIP技術的類似應用,蛋白結合對象為RNA。RIP-seq即對富集得到的RNA片段進行高通量測序,是研究細胞內RNA與蛋白結合情況的技術,是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具。


美吉優勢

       擁有Illumina HiSeq 2500、HiSeq 4000和MiSeq等多種高通量測序平臺。

       技術人員經驗豐富,可以根據合作伙伴要求提供實驗方案、解決實驗問題、分析實驗結果。

       擁有專業的生物信息團隊和大型計算機,可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。

送樣要求

1) RIP捕獲的RNA>300ng,濃度>30ng/μL,體積>10μL,OD260/280為1.8-2.0,OD260/230為1.5-1.8;

2) 樣品避免反復凍融,送樣時使用足量的干冰運輸;

 

利用RIP-seq技術在全基因組水平分析RNA結合蛋白Wig-1的靶RNA


       本研究對正常與過表達Wig-1的兩株細胞系(HCT116和Saos-2 cells)進行RIP-seq,以期找到Wig-1的靶RNA。結果表明,在HCT116和Saos-2細胞中分別獲得了2335個和354個靶RNA,其中兩者共有的靶RNA為286。但Wig-1-RNA復合物分布在所有表達的基因范圍內(圖1),說明Wig-1與靶RNA的結合與靶mRNA的表達水平沒有相關性。此外,研究表明Wig-1與其靶mRNAs的結合是由位于轉錄本3′UTR區的ARE (AU富集元件) motifs調控的(圖2)。

 

圖1: RIP-Seq富集分析在兩細胞系中發現了286個共有的Wig-1靶mRNAs

 

 

圖2 Wig-1靶mRNA的3′UTR區域中的AU富集元件(AREs)


參考文獻

Genome-wide identification of Wig-1 mRNA targets by RIP-Seq analysis [J].Oncotarget. (2016) 7(2):1895-911.


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